VIRUS

Virus adalah parasit berukuran mikroskopik yang menginfeksi sel organisme biologis. Virus bersifat parasit obligat, hal tersebut disebabkan karena virus hanya dapat bereproduksi di dalam material hidup dengan menginvasi dan memanfaatkan sel makhluk hidup karena virus tidak memiliki perlengkapan selular untuk bereproduksi sendiri. Biasanya virus mengandung sejumlah kecil asam nukleat (DNA atau RNA, tetapi tidak kombinasi keduanya) yang diselubungi semacam bahan pelindung yang terdiri atas protein, lipid, glikoprotein, atau kombinasi ketiganya. Genom virus akan diekspresikan menjadi baik protein yang digunakan untuk memuat bahan genetik maupun protein yang dibutuhkan dalam daur hidupnya.Istilah virus biasanya merujuk pada partikel-partikel yang menginfeksi sel-sel eukariota (organisme multisel dan banyak jenis organisme sel tunggal), sementara istilah bakteriofage atau fage digunakan untuk jenis yang menyerang jenis-jenis sel prokariota (bakteri dan organisme lain yang tidak berinti sel). Morfologi virus 1. 2. 3. 4. 5. Virus berukuran aseluler (tidak mempunyai sel). Virus berukuran amat kecil, jauh lebih kecil daripada bakteri. Virus hanya memiliki sala satu macam asam nukleat (RNA atau DNA). Virus umumnya berupa semacam hablur (kristal) dan bentuknya sangat bervariasi Tubuh virus terdiri atas kepala, kulit(selubung atau kapsid), isi tubuh, dan serabut ekor.

Anatomi virus Kepala Kepala virus berisi DNA dan bagian luarnya diselubungi kapsid. Kapsid

Kapsid adalah selubung yang berupa protein. Kapsid terdiri atas bagian-bagian yang disebut kapsomer. Kapsid juga dapat terdiri atas proten-protein monomer identik, yang masingmasing terdiri dari rantai polipeptida. Isi tubuh Isi tubuh yang disebut viorin adalah bahan genetik yakni asam nukleat (DNA atau RNA), contohnya sebagai berikut:

Virus yang isi tubuhnya RNA dan bentuknya menyerupai kubus antara lain, virus radang mulut. Virus yang isi tubuhnya RNA, protein, lipida, dan polisakarida, contohnya paramixovirus. Virus yag isi tubuhnya tediri atas RNA, protein, dan banyak lipida, contohnya virus cacar. Ekor

Ekor virus merupakan alat penancap ketubuh organisme yang diserangnya. Ekor virus terdiri atas tabung bersumbat yang dilengkapi benang atau serabut.Pada virus dijumpai asam nukleat yang diselubungi kapsid, disebut nukleokapsid.

Reproduksi Virus
Virus hanya dapat berkembang biak pada sel atau jaringan hidup. Oleh karena itu, virus menginfeksi sel bakteri, sel hewan, atau sel tumbuhan untuk bereproduksi. Cara reproduksi virus disebut proliferasi atau replikasi. Pada Bakteriofage reproduksinya dibedakan menjadi dua macam, yaitu daur litik dan daur lisogenik. Pada daur litik, virus akan menghancurkan sel induk setelah berhasil melakukan reproduksi, sedangkan pada daur lisogenik, virus tidak menghancurkan sel bakteri tetapi virus berintegrasi dengan DNA sel bakteri, sehingga jika bakteri membelah atau berkembangbiak virus pun ikut membelah. Pada prinsipnya cara perkembangbiakan virus pada hewan maupun pada tumbuhan mirip dengan yang berlangsung pada bakteriofage, yaitu melalui fase adsorpsi, sintesis, dan lisis.

a. Infeksi secara litik/daur litik

Daur litik melalui fase-fase berikut ini: 1. Fase adsorpsi dan infeksi Dengan ujung ekornya, fag melekat atau menginfeksi bagian tertentu dari dinding sel bakteri, daerah itu disebut daerah reseptor (receptor site : receptor spot). Daerah ini khas bagi fag tertentu, dan fag jenis lain tak dapat melekat di tempat tersebut. Virus penyerang bakteri tidak memiliki enzim-enzim untuk metabolisme, tetapi rnemiliki enzim lisozim yang berfungsi merusak atau melubangi dinding sel bakteri. Sesudah dinding sei bakteri terhidrolisis (rusak) oleh lisozim, maka seluruh isi fag masuk ke dalam hospes (sel bakteri). Fag kemudian merusak dan mengendalikan DNA bakteri. 2. Fase Replikasi (fase sintesis) DNA fag mengadakan pembentukan DNA (replikasi) menggunakan DNA bakteri sebagai bahan, serta membentuk selubung protein. Maka terbentuklah beratus-ratus molekul DNA baru virus yang lengkap dengan selubungnya. 3. Fase Pembebasan virus fag - fag baru / fase lisis Sesudah fag baru terbentuk, sel bakteri akan pecah (lisis), sehingga keluarlah fag yang baru. Jumlah virus baru ini dapat mencapai sekitar 200. Pembentukan partikel bakteriofag memerlukan waktu sekitar 20 menit.

b. Infeksi secara lisogenik/daur lisogenik

Daur lisogenik melalui fase-fase berikut ini: 1. Fase adsorpsi dan infeksi Fag menempel pada tempat yang spesifik. Virus melakukan penetrasi pada bakteri kemudian mengeluarkan DNAnya ke dalam tubuh bakteri. 2. Fase penggabungan DNA virus bersatu dengan DNA bakteri membentuk profag. Dalam bentuk profag, sebagian besar gen berada dalam fase tidak aktif, tetapi sedikitnya acla satu gen yang selalu aktif. Gen aktif berfungsi untuk mengkode protein reseptor yang berfungsi menjaga agar sebagian gen profag tidak aktif. 3. Fase pembelahan Bila bakteri membelah diri, profag ikut membelah sehingga dua sel anakan bakteri juga mengandung profag di dalam selnya. Hal ini akan berlangsung terus-menerus selama sel bakteri yang mengandung profag membelah. Jadi jelaslah bahwa pada virus tidak terjadi pembelahan sel, tetapi terjadi penyusunan bahan virus (fag) baru yang berasal dari bahan yang telah ada dalam sel bakteri yang diserang.

Beberapa perbedaan daur litik dan lisogenik: Siklus/daur litik Waktu relatif singkat , Menonaktifkan bakteri , Berproduksi dengan bebas tanpa terikat pada kromosom bakteri

Siklus/daur lisogenik Waktu relatif lama , Mengkominasi materi genetic bakteri dengn virus , Terikat pada kromosom bakteri

Replikasi virus
Replikasi virus terdiri atas beberapa tahapan-tahapan yaitu pelekatan virus, penetrasi, pelepasan mantel, replikasi genom dan ekspresi gen, perakitan, pematangan, dan pelepasan.

Pelekatan Virus
Pelekatan virus merupakan proses interaksi awal antara partikel virus dengan molekul reseptor pada permukaan sel inang.[16] Pada tahap ini, terjadi ikatan spesifik antara molekul reseptor seluler dengan antireseptor pada virus.[16] Beberapa jenis virus memerlukan molekul lainnya untuk proses pelekatan yaitu koreseptor.[16] Molekul reseptor yang target pada permukaan sel dapat berbentuk protein (biasanya glikoprotein) atau residu karbohidrat yang terdapat pada glikoprotein atau glikolipid.[16] Beberapa virus kompleks seperti poxvirus dan herpesvirus memiliki lebih dari satu reseptor sehingga mempunyai beberapa rute untuk berikatan dengan sel.[16] Reseptor virus mempunyai beberapa kelas yang berbeda :

molekul immunoglobulin-like superfamily reseptor terkait membran saluran dan transporter transmembran[16]

Beberapa contoh virus beserta reseptor yang dimiliki :

Human Rhinovirus (HRV) Human Rhinovirus memiliki reseptor ICAM-1(Intracelluler adhesion molecule-1).[17] Molekul tersebut merupakan molekul adhesi yang fungsi normalnya adalah untuk mengikatkan sel kepada substratnya.[17] struktur ICAM-1 mirip dengan molekul imunoglobulin dengan domain C dan V sehingga digolongkan sebagai protein supefamily immunoglobulin[17] Struktur ICAM-1 memiliki lima Ig-like domain untuk berikatan dengan Lfa-1 (Leukocite function antigen-1), Mac-1 (Macrofage antigen-1), Rhinovirus (HRV), fibrinogen, dan PFIE (malaria infected erythocytes).[17] 10 serotipe dari HRV menggunakan ICAM-1 sebagai reseptor, sepuluh serotipe lainnya menggunakan protein yang beruhubungan dengan LDL reseptor.[17]

Poliovirus mempunyai reseptor virus berupa protein membran integral yang juga anggota dari molekul superfamily immunoglobulin.[18] Reseptor ini memiliki tiga domain yaitu satu berupa variabel dan dua konstan.[18]

Virus influenza Virus ini mempunyai dua tipe spike glikoprotein pada permukaan partikel virus yaitu hemagglutinin (HA) dan neuraminidase.[19] HA akan berikatan dengan reseptor virus influenza yang berupa asam sialat (N-asetil neuraminic acid).[19] virus ini berikatan dengan muatan negatif dari moieties asam sialat yang ada pada rantai oligosakarida yang secara kovalen berikatan dengan glikoprotein pada permukaan sel.[19] adanya asam sialat pada hampir semua jenis sel menyebabkan virus influenza bisa berikatan dengan banyak tipe sel.[19]

Penetrasi
Penetrasi terjadi pada waktu yang sangat singkat setelah pelekatan virus pada reseptor di membran sel.[20] Proses ini memerlukan energi Tiga mekanisme yang terlibat:

Translokasi partikel virus Proses translokasi relatif jarang terjadi di antara virus dan mekanisme belom sepenuhnya dipahami benar, kemungkinan diperantarai oleh protein di dalam virus kapsid dan reseptor membran spesifik.[21]

Endositosis virus ke dalam vakuola intraseluler proses endositosis merupakan mekanisme yang sangat umum sebagai jalan masuk virus ke dalam sel.[22] Tidak diperlukan protein virus spesifik selain yang telah digunakan untuk pengikatan reseptor.[22]

fusi dari envelope dengan membran sel (untuk virus yang berenvelope)

Proses fusi virus berenvelop dengan membran sel baik secara langsung maupun dengan permukaan sel maupun mengikuti endositosis dalam sitoplasma.[22] Diperlukan adanya protein fusi spesifik dalam envelop virus, misalnya : HA influenza dan glikoprotein transmembran (TM) Rhinovirus.[22]

Pelepasan Mantel
Tahap ini terjadi setelah proses penetrasi dimana kapsid virus baik seluruhnya maupun sebagian dipindahkan ke dalam sitoplasma sel inang.[20] Pada tahap ini genom virus terekspos dalam bentuk kompleks nukleoprotein.[20] Dalam beberapa kasus, tahap ini berlangsung cukup sederhana dan terjadi selama fusi pada membran virus dengan membran plasma.[20] untuk virus lainnya, tahap ini merupakan proses multistep yang melibatkan jalur endositosis dan membran nukleus.[20]

Replikasi Genom dan Ekspresi GeN

Klasifikasi Baltimore.

Strategi replikasi dari beberapa virus tergantung pada material genetik alami dari virus tersebut.[24] Dalam hal ini, virus dibagi dalam 7 kelompok seperti pengelompokan [[David Baltimore].[24] Proses ekspresi gen akan menentukan semua proses infeksi virus (akut, kronis, persisten, atau laten).[24]

Kelas I : DNA Utas Ganda Kelompok ini dibagi menjadi dua kelompok : 1. Replikasi terjadi di inti dan relatif tergantung kepada faktor-faktor seluler (Adenoviridae, Polyomaviridae, Herpesviridae)[24] 2. Replikasi terjadi di sitoplasma (Poxviridae). virus ini melibatkan semua faktor-faktor yang penting untuk transkripsi dan replikasi dari genomnya, dan kebanyakan tidak tergantung pada perangkat replikasi dari inangnya[24].

Kelas II : DNA Utas Tunggal Replikasi terjadi di dalam nukleus, melibatkan bentuk utas ganda intermediate sebagai cetakan untuk sintesis utas tunggal DNA turunannya (Parvoviridae)[24]

Kelas III : RNA Utas Ganda Virusnya memiliki genom yang tersegmentasi. masing-masing segmennya ditranskripsi secara terpisah untuk menghasilkan monosistronik mRNA individual. contoh : Reoviridae[24]

Kelas IV : RNA Utas Tunggal (+) Virus dengan polisistronik mRNA dimana kelas ini genom RNA membentuk mRNA yang ditranslasikan untuk membentuk suatu polyprotein yang dipecah membentuk protein matang. Contoh : Picornaviridae[24]

Kelas V : RNA Utas Tunggal (-) Genom pada kelas ini dibagi menjadi dua tipe : 1. Genom tidak bersegmen (Rhabdoviridae), Tahap pertama dalam replikasi adalah transkripsi dari genom RNA utas (-) oleh virion RNA-dependent RNA polimerase untuk menghasilkan monosistronik mRNA yang juga sebagai cetakan untuk replikasi genom.[24] 2. Genom bersegmen (Orthomixoviridae), replikasi terjadi di dalam nukleus dimana monosistronik mRNA untuk masing-masing gen virus dihasilkan oleh transkriptase virus.[24]

Kelas VI : RNA Utas Tunggal (+) dengan DNA Intermediate Genom Retrovirus RNA utas tunggal (+) bersifat diploid dan tidak dipakai secara langsung sebagai mRNA tetapi sebagi template untuk reverse transkriptase menjadi DNA.[24]

Kelas VII : DNA Utas Ganda dengan RNA Intermediate Virus kelompok ini bergantung kepada reverse transkriptase, tetapi berbeda dengan retrovirus, prosesnya terjadi di dalam partikel virus selama maturasi (Hepadnaviridae).[24]

Perakitan
Perakitan merupakan proses pengumpulan komponen-komponen virion pada bagian khusus di dalam sel.[20] Selama proses ini, terjadi pembentukan struktur partikel virus.[20] Proses ini tergantung kepada proses replikasi di dalam sel dan tempat di mana virus melepaskan diri dari sel.[20] mekanisme perakitan bervariasi untuk virus yang berbeda-beda. Contoh : proses perakitan Picornavirus, Poxvirus, dan Reovirus terjadi di sitoplasma, sementara itu proses perakitan Adenovirus , Poliovirus, dan Parvovirus terjadi di nukleus.[20]

Pematangan
Pematangan merupakan tahap dari siklus hidup virus dimana virus bersifat infeksius.[20] pada tahap ini terjadi perubahan struktur dalam partikel virus yang kemungkinan dihasilkan oleh pemecahan spesifik protein kapsid untuk menghasilkan produk yang matang.[20] protease virus dan enzim seluler lainnya biasanya terlibat dalam proses ini.[20]

Pelepasan
Semua virus kecuali virus tanaman melepaskan diri dari sel inang melalui dia mekanisme :

untuk virus litik (semua virus non-selubung), pelepasan merupakan proses yang sederhana, dimana sel yang terinfeksi terbuka dan virus keluar.[20] untuk virus berselubung, diperlukan membran lipid ketika virus keluar dari sel melewati membran , proses ini dikenal sebagai budding.[20]

Proses pelepasan partikel virus kemungkinan bisa merusak sel(Paramyxovirus, Rhabdovirus, dan Togavirus) , dan kemungkinan sebagian lagi tidak merusak sel (Retrovirus).[20]

Klasifikasi virus
Virus dapat diklasifikasi menurut morfologi, tropisme dan cara penyebaran, dan genomik fungsional.[25]

Klasifikasi virus berdasarkan morfologi Berdasarkan morfologi, virus dibagi berdasarkan jenis asam nukleat dan juga protein membran terluarnya (envelope) menjadi 4 kelompok, yaitu :[25]

1. 2. 3. 4.

Virus DNA Virus RNA Virus berselubung Virus non-selubung

Klasifikasi virus berdasarkan tropisme dan cara penyebaran Berdasarkan tropisme dan cara penyebaran, virus dibagi menjadi:[25]

1. 2. 3. 4. 5.

Virus Enterik Virus Respirasi Arbovirus Virus onkogenik Hepatitis virus Klasifikasi virus berdasarkan genomik fungsional Virus di klasifikan menjadi 7 kelompok berdasarkan alur fungsi genomnya. Klasifikasi ini disebut juga klasifikasi Baltimore yaitu:[25]

1. 2. 3. 4. 5. 6. 7.

Virus Tipe I = DNA Utas Ganda Virus Tipe II = DNA Utas Tunggal Virus Tipe III = RNA Utas Ganda Virus Tipe IV = RNA Utas Tunggal (+) Virus Tipe V = RNA Utas Tunggal (-) Virus Tipe VI = RNA Utas Tunggal (+) dengan DNA perantara Virus Tipe VII = DNA Utas Ganda dengan RNA perantara

Contoh-contoh virus
Virus RNA
Virus RNA merupakan virus yang memiliki materi genetik berupa RNA, kelompok yang tergolong dalam kelompok ini adalah virus kelas III, IV, V, dan VI. Beberapa contoh familia virus yang termasuk ke dalam kelompok ini adalah Retroviridae, Picornaviridae, Orthomixoviridae, dan Arbovirus.[26]
Retroviridae

Retroviridae merupakan virus berbentuk ikosahedral. Virus ini memiliki genom RNA berjumlah dua buah yang keduanya identik dan memiliki polaritas positif yang nantinya akan diekspresikan menjadi enzim polimerase yang unik yaitu reverse traskriptase yang berguna untuk mengubah RNA menjadi DNA.[26][27]DNA yang dihasilkan nantinya akan berintegrasi ke dalam DNA sel inang sebagai provirus.[26] Virus ini termasuk ke dalam virus yang ganas, dapat menyebabkan penekanan sistem kekebalan tubuh dan juga tumor.[26] Sifatnya yang ganas tersebut disebabkan salah satunya karena virus ini mudah mengalami mutasi.[26] Salah satu genus dari famili ini yang paling terkenal adalah genus Lentivirus, yang contoh spesiesnya adalah HIV 1 dan 2.[26]
Picornaviridae

Picornaviridae merupakan berukuran kecil. Virus ini memiliki genom RNA dengan polaritas positif sehingga termasuk virus kelas IV dalam klasifikasi Baltimore.[28] Virus dalam famili

ini mampu menyebabkan banyak penyakit pada manusia, di antaranya adalah penyakit polio yang disebabkan oleh Poliovirus dan flu ringan yang disebabkan oleh Rhinovirus.[28]
Orthomixoviridae

Orthomoxoviridae merupakan virus yang memiliki selubung dengan materi genetik RNA bersegmen berpolaritas negatif sehingga virus ini termasuk dalam kelas V dalam klasifikasi Baltimore.[29] Ciri khan dari virus ini adalah virus ini memiliki protein permukaan yang merupakan antigen utama yaitu Hemmaglutinin (HA) dan Neuraminidase (NA).[29] Hemmaglutinin merupakan bagian virus yang menempel pada sel target oleh sebab itu antibodi terhadap hemmaglutinin dapat melindung dari infeksi virus.[29] Neuraminidase berperan untuk melepaskan virion dari sel oleh sebab itu antibodi terhadap NA dapat menekan tingkat keparahan infeksi virus.[29] Virus ini di klasifikasikan menjadi empat kelompok yaitu : 1. Influenza tipe A Influenza tipe A merupakan virus yang menginfeksi berbagai spesies baik manusia, burung (burung liar, ternak, domestik), babi, kuda, anjing, dan mamalia air(anjing laut dan paus).[29] Virus influenza tipe A dapat mengalami antigenic drift dan antigenic shift. [29] Antigenic drift adalah terjadinya mutasi pada gen yang menyandikan protein Hemmaglutinin. Hal tersebut menyebabkan antibodi yang ada tidak dapat mengenalinya lagi. Kejadian tersebut menyebabkan terjadinya endemik musiman.[29] Antigenic shift adalah munculnya subtipe barus virus influenza yang disebabkan karena penggabunggan genetik antara manusia dengan virus hewan atau dengan transmisi langsung dari hewan unggas ke manusia. karena tidak ada atau sedikitnya imunitas terhada virus baru, maka pandemik dapat terjadi.[29] 2. Influenza tipe B 3. Influenza tipe C 4. Tick-Borne Influenza virus ini merupakan virus yang berasal dari kutu.[29]
Arboviruses

Arbovirus merupakan singkatan dari ARthropoda-BOrne virus yaitu virus yang berasal dari kelompok Arthropoda.[30] Arbovirus dibagi menjadi empat famili yaitu : 1. Togaviridae contoh virus yang termasuk dalam kelompok ini adalah Rubellavirus.[30] 2. Flaviviridae contoh virus yang termasuk dalam kelompok ini adalah Hepatitis C virus dan Denguevirus yang penyebabkan penyakit demam berdarah dengue.[30] 3. Bunyaviridae contoh virus yang termasuk dalam kelompok ini adalah California encephalitis virus (CE) yang menyebabkan penyakit encephalitis pada manusia.[30] 4. Reoviridae contoh virus yang termasuk dalam kelompok ini adalah reovirus yang menyebabkan Colorado tick fever dan Rotavirus yang menyebabkan diare epidemik pada anakanak.[30]

Virus DNA
Virus DNA merupakan virus yang memiliki materi genetik berupa DNA, kelompok yang tergolong dalam kelompok ini adalah virus kelas I, II, VII. Beberapa contoh familia virus yang termasuk ke dalam kelompok ini adalah Herpesviridae, Parvoviridae, dan Poxviridae.[31]
Herpesviridae

Herpesviridae merupakan kelompok virus berukuran besar dengan materi genetik DNA utas ganda sehingga dikelompokkan ke dalam kelas 1 dalam klasifikasi baltimore. Virus dalam kelompok ini dapat menyebabkan penyakit ganas dan juga dapat menyebabkan kelainan pasca kelahiaran pada bayi.[31] Herpesviridae terbagi ke dalam beberapa genus, yaitu : 1. Alpha Herpesvirus Virus yang termasuk dalam kelompok Alpha herpesvirus biasanya menyebabkan penyakit yang akut dengan gejala yang muncul saat itu juga.[31] infeksi virus ini bersifat laten persisten disebabkan karena kemampuan genom virus ini untuk berintergrasi dengan sel inang.[31] jika kondisi inang sedang lemah, maka ada kemungkinan penyakit dapat muncul kembali pada tempat yang sama.[31] contoh dari virus ini adalah Herpes simplex tipe 1 dan 2 dan Varicella zoster(VZ) virus.[31] 2. Beta Herpesvirus Virus yang termasuk dalam kelompok beta herpesvirus biasanya menyebabkan penyakit yang akut akan tetapi tidak ditemukan gejala pada carrier.[31] virus ini menyebabkan infeksi pada bayi dan perkembangan abnormal (penyakit kongenital).[31] contoh dari virus ini adalah Cytomegalovirus.[31] 3. Gamma Herpesvirus Virus yang termasuk dalam kelompok ini mampu menyebabkan penyakit limphopoliperatif jinak dan ganas.[31] contoh dari virus ini adalah Epstein-Barr virus.[31]
Parvoviridae

Parvoviridae merupakan virus dengan DNA utas tunggal polaritas positif atau negatif sehingga termasuk dalam kelas II dalam klasifikasi Baltimore.[32] Virus ini tidak memiliki selubung virus dan merupakan virus manusia yang berukuran paling kecil.[32] Virus merupakan virus yang tidak sempurna sehingga perlu berasosiasi dengan adenovirus sehingga sering disebut Adeno-Associated Virus(AAV).[32] Salah satu contoh kelompok ini adalah virus B-19 yang dapat menyebabkan cacat atau keguguran pada janin.[32]
Poxviridae

Poxviridae merupakan virus dengan materi genetik DNA untai ganda sehingga virus ini di termasuk dalam kelas I dalam klasifikasi Baltimore.[33] Ciri khas dari virus ini adalah virus ini memiliki morfologi besar dan kompleks.[33] Virus yang terkenal dalam kelompok ini adalah Smallpox.[33] Smallpox cukup terkenal karena menimbulkan pandemik yang sangat besar diseluruh dunia.[33] sekarang virus Smallpox sudah dimusnahkan.[33]

Pada hewan : 1. Rabies pada anjing, monyet, kucing. disebabkan oleh RhabdoVirus 2. Tetelo / NCD (New Caste Disease ) disebabkan oleh virus tetelo / NCDV. Virus ini terdapat pada ayam yang menyerang sistem syarafnya. 3. Parrot fever (pada unggas). 4. Foot and mouth disease /FMD (penyakit kuku dan mulut) disebabkan oleh FMDV pada sapi dan kerbau dan ternak . 5. Kanker pada Ayam ( Rouse Sarcoma Virus) disebabkan oleh RSV. Genetika Virus Virus mampu bertahan hidup, tetapi tidak tumbuh, bila tidak di dalam sel inang. Replikasi genom virus tegantung pada energi metabolik dan mesin sintesis makromolekul pada inang. Sering, bentuk parasitisme genetik ini mengakibatkan debilitas atau kematian sel inang. Oleh karena itu, keberhasilan perbanyakan virus memerlukan (1) suatu bentuk stabil yang memungkinkan virus bertahan hidup di luar inangnya, (2) suatu mekanisme invasi pada sel inang, (3) informasi genetik untuk replikasi komponen virus dalam sel, dan (4) informasi tambahan yang mungkin diperlukan untuk packaging (menyimpan) komponen virus dan pengeluaran virus dari sel inang. Perbedaan sering ditemukan antara virus pada sel eukariotik dengan virus pada sel prokariotik (bacteriophage Molekul asam nukleat bacteriophage dikelilingi suatu mantel protein. Beberapa faga juga mengandung lipid, tetapi hal ini adalah perkecualian. Asam nukleat pada faga bervariasi. Banyak faga memiliki DNA rantai ganda, yang memiliki RNA rantai tunggal. Basa yang tidak umum ditemukan seperti hydroxylmethylcytosine kadang kadang ditemukan pada asam nukleat faga. Banyak faga memiliki struktur menyerupai alat injeksi syringe khusus yang dapat mengikat reseptor pada permukaan sel dan menginjeksikan asam nukleat ke dalam sel inang. Faga dapat dibedakan berdasarkan pada cara perbanyakan dirinya. Lytic phagers menghasilkan banyak salinan dirinya sebagai cara memastikan sel inangnya. Kebanyakan laporan studi Lytic phagers, T-phages (missal T2, T4) pada Escherichia coli, memerlukan waktu yang tepat untuk ekspresi gen virus untuk koordinasi pembentukan faga. Temperate phages mampu masuk ke dalam suatu prophage pada keadaan nonlitik, pada replikasi asam nukleatnya dikaitkan dengan replikasi DNA sel inang. Bakteri yang membawa prophage disebut lysogenic, karena suatu signal fisiologik dapat menjadi trigger suatu siklus litik yang mengakibatkan kematian sel inang dan mengeluarkan banyak salinan phages. Karakter terbaik temperate phages adalah E.coli phage (lambda). Gen gen penentu litik atau respons lysogenic pada infeksi telah diidnetifikasi dan interaksi yang kompleks telah diexsplorasi secara teliti.Filamenthous phages, contoh yang telah dipelajari dengan baik adalah E.coli phage M13, filamennya mengandung DNA rantai tunggal yang kompleks dengan protein dan diperoleh dari inangnya, dimana inang mengalami debilitas (keadaan memburuk) tetapi tidak dimatikan oelh infeksi ini. Rekayasa DNA ke dalam phage M13 menyediakan rantai rantai tunggal yang sangat bernilai untuk analisis dan manipulasi DNA.