P. 1
SCE3107 Praktikal 6

SCE3107 Praktikal 6

|Views: 2,380|Likes:
Published by oasis_dessert

More info:

Published by: oasis_dessert on Jun 11, 2012
Copyright:Attribution Non-commercial

Availability:

Read on Scribd mobile: iPhone, iPad and Android.
download as DOCX, PDF, TXT or read online from Scribd
See more
See less

07/20/2013

pdf

text

original

SCE 3107- PRAKTIKAL 6

SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J)

PRAKTIKAL 6 MENGUKUR DIVERSITI GENETIK

Tujuan

: Untuk mengkaji dan mengukur diversiti genetik

Teori

:

Genetik merupakan bidang sains yang mengkaji fenomena pewarisan dan variasi dalam kesemua makhluk hidup, samada manusia mahupun bakteria.
Kromosom adalah satu molekul makro DNA, dan merupakan unit asas DNA dalam satu sel. Kromosom terdiri daripada kumpulan gen-gen dan ekspresi luar gen (individu phenotype) boleh mempunyai perbezaan yang besar. Ini kerana gen-gen mempunyai bentuk alternatif yang dikenali sebagai allele, dan perbezaan yang diperhatikan adalah disebabkan variasi di mana allele hadir di dalam pembentukan genetik individu. Sel-sel

hidup yang menghasilkan generasi sel-sel anak memindahkan maklumat genetiknya melalui kromosom dengan bilangan yang sama, kecuali sel gamet. Bentuk dan saiz kromosom adalah berlainan mengikut organisma tertentu. Maklumat genetik perlu berinteraksi bersama faktor luaran yang lain seperti permakanan dan persekitaran untuk menentukan faktor fizikal dan perlakuan organisma secara keseluruhan.

Gen adalah linear DNA yang merupakan unit berfungsi pada kromosom atau plasmid. Keseluruhan maklumat bagi struktur dan fungsi sesuatu organisma dikodkan dalam gennya. Bagi sesetengah maklumat yang dikodkan oleh gen menentukan hanya

1

SCE 3107- PRAKTIKAL 6

SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J)

satu ciri, tetapi sesetengah lokus (lokasi) bagi gen yang sama boleh membawa maklumat yang berlainan. Gen yang mempunyai maklumat yang berlainan pada lokus yang sama dinamakan alel. Gene pool” spesies adalah himpunan allele-allele daripada gen-gen di dalam sesebuah spesies. Alel terbentuk kerana adanya perbezaan kecil (variasi) pada satu atau sejumlah urutan tertentu. Lokus yang memiliki alel dalam suatu populasi dikatakan bersifat polimorfik dan, sebaliknya, dikatakan bersifat monomorfik (satu bentuk) apabila tidak memiliki variasi. Disebabkan gen atau segmen DNA dapat diekspresikan menjadi suatu fenotipe tertentu, adanya alel dapat

mengakibatkan perbezaan penampilan di antara individu-individu dalam suatu populasi.

Variasi merupakan perbezaan di kalangan organisma yang sama spesies dari segi fenotip dan genotip. Fenotip merupakan suatu ciri fizikal yang boleh dilihat seperti rupa, warna kulit dan lain-lain. Fenotip dipengaruhi oleh genotip dan

persekitaran.Genotip merupakan kandungan genetik di dalam sesuatu organisma. Genotip tidak dapat dilihat dengan mata kasar, dan bergantung kepada pewarisan gen daripada induk-induk organisma.

2

SCE 3107- PRAKTIKAL 6

SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J)

TUGASAN

Anda bertugas untuk sebuah agensi pemuliharaan dan berdepan dengan satu krisis : sebuah kawasan dengan enam jenis tanah lembap yang berbeza, yang diketahui hanya tanah bagi dua jenis orkid liar yang sedang dibangunkan menjadi kawasan perindustrian.

Organisasi anda hanya mampu membeli dan menjaga empat tanah sahaja. Mana satukah antara keenamenam tanah yang harus dijaga? Dua daripadanya ialah tanah lembap, tiga lagi adalah paya bersama dengan populasi Pterostylis isozymus. Tiga jenis paya yang lain merupakan satu-satunya populasi yang paling berkait rapat tetapi spesis yang jauh Pterostylis polyzymous tinggal. Anda menghantar sampel daun ke sebuah kolej untuk analisa genetik, dan menerima data seperti di bawah, iaitu di dalam bentuk gel protein elektroforesis untuk satu lokus allozyme yang polimorfik bagi kedua-dua spesis. Lokus tersebut mempunyai dua allel, ‘Cepat’ dan ‘Perlahan’ kerana mereka bergerak pada kadar yang berbeza merentasi gel tersebut, di mana allele yang cepat berada di bawah allele yang perlahan.

3

SCE 3107- PRAKTIKAL 6

SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J)

Langkah 1

Untuk mengukur bagaimana variasi genetik tersebar di antara populasi, frekuensi allele perlu dikenalpasti di dalam setiap populasi. Lokus alozyme mempunyai dua bentuk. Identiti bagi setiap allele di dalam setiap individu ditunjukkan melalui banding pattern yang ada di dalam gel. Sebagai contoh, individu pertama di baris pertama di dalam gel pertama adalah heterozygous, di mana dua allele tersebut adalah berbeza dan diwakili oleh simbol (+) bagi kedua-dua cepat dan perlahan. Sebaliknya, individu di baris kedua ialah homozygous, yang mempunyai satu band mewakili dua allele perlahan. 

Tentukan frekuensi allele di dalam setiap populasi bagi allele cepat (p) dan allele perlahan (q) dengan mengira bilangan allele bagi individu di dalam setiap populasi (homozygote mempunyai dua allele yang sama, oleh itu anda perlu mengira + dua kali ganda, dan jumlah bagi allele bagi 15 individu tersebut ialah 2 x 15 = 30. Bahagikan jumlah tersebut dengan jumlah allele yang hadir dai dalam populasi tersebut (sentiasa sama dengan dua kali ganda bilangan individu).

4

SCE 3107- PRAKTIKAL 6

SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J)

Pterostylis isozymus, 1 Slow Fast   2  3  4  5  6 

Populasi 1 (individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan) 7  8  9  10   11 12  13   14   15  Jum 23 7

Pterostylis isozymus, 1 Slow Fast   2 3   4  5    6

Populasi 2 (individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan) 7    8 9   10    11 12   13   14    15 Jum 12 18

Pterostylis isozymus, 1 Slow Fast  2       3 4 5 6

Populasi 3 (individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan) 7         8 9 10 11 12 13 14   15 Jum 4 26

Pterostylis polyzymus, 1 Slow Fast   2 3   4  5    6

Populasi 1 (individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan) 7    8 9   10    11 12   13   14    15 Jum 12 18

Pterostylis polyzymus, 1 Slow Fast    2 3  4  5    6

Populasi 2 (individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan) 7    8 9  10    11 12   13   14   15 Jum 14 16

Pterostylis polyzymus, 1 Slow Fast    2 3 4  5    6

Populasi 3 (individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan) 7  8  9      10 11 12 13   14    15 Jum 8 22

5

SCE 3107- PRAKTIKAL 6

SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J)

Langkah 2 Anda perlu mengukur perbezaan genetik diantara populasi tersebut. Biasanya Wright’s Fixation Index or Fst digunakan, dari julat 0 yang mewakili tiada perbezaan antara populasi tersebut, meningkat, menandakan kenaikan perbezaan. Untuk menentukan Fst, heterozygousity perlu dikira bagi setiap spesis (Hs), dengan menggandakan 2pq bagi setiap satu populasi dan mengira nilai purata bagi ketiga-tiga populasi untuk setiap spesis.

Frekuensi allele bagi Pterostylis isozymus,

Allele cepat, p Populasi 1 7/30 = 0.23

Allele perlahan, q 23/30 = 0.77

2xpxq 2 (0.23) (0.77) = 0.35 2 (0.6) (0.4) 01 = 0.48 2 (0.87) (0.13) = 0.23

Populasi 2

18/30

0.60

12/30

0.40

Populasi 3

26/30

0.87

4/30

0.13

Purata (Hs) 0.35

6

SCE 3107- PRAKTIKAL 6

SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J)

Frekuensi allele bagi Pterostylis polyzymus,

Allele cepat, p Populasi 1 18/30 0.60

Allele perlahan, q 12/30 0.40

2xpxq 2 (0.60) (0.40) = 0.48 2 (0.53) (0.47) 01 = 0.50 2 (0.73) (0.27) = 0.23

Populasi 2

16/30

0.53

14/30

0.47

Populasi 3

22/30

0.73

8/30

0.27

Purata (Hs) 0.46

7

SCE 3107- PRAKTIKAL 6

SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J)

Langkah 3 Kira heterozygosity jika ketiga-tiga populasi meneruskan pembiakan, (Ht). Lakukan kiraan dengan mencari purata bagi p dan q ke atas ketiga-tiga populasi bagi setiap spesis, digandakan dengan 2 x purata p x purata q. Jangkaan frekuensi heterozygote di dalam populasi ini dikatakan mempunyai kawasan pembiakan yang besar dengan tiadanya perbezaan genetik pada tahap populasi biasa.

Jangkaan heterozygosity (Ht) bagi Pterostylis isozymus

Allele cepat, p Populasi 1 Populasi 2 Populasi 3 Purata frekuensi allele (Ht) = 2pq = 2 x 0.57 x 0.43 = 0.49 7/30 18/30 26/30 0.23 0.60 0.87 1.70/3 = 0.57

Allele perlahan, q 23/30 12/30 4/30 0.77 0.40 0.13 1.30/3 = 0.43

8

SCE 3107- PRAKTIKAL 6

SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J)

Jangkaan heterozygosity (Ht) bagi Pterostylis polyzymus

Allele cepat, p Populasi 1 Populasi 2 Populasi 3 Purata frekuensi allele (Ht) = 2pq = 2 x 0.62 x 0.38 = 0.47 18/30 16/30 22/30 0.60 0.53 0.73 1.86/3 = 0.62

Allele perlahan, q 23/30 14/30 8/30 0.40 0.47 0.27 1.14/3 = 0.38

9

SCE 3107- PRAKTIKAL 6

SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J)

Langkah 4 Anda perlu mengira jumlah local, dengan variasi populasi. Frekuensi sisihan bagi heterozygotes di dalam populasi yang berasingan, (Hs) perlu dicari jika mereka adalah dari populasi besar yang sama, (Ht), sertakan indeks jumlah variasi genetik yang ditemui di dalam satu populasi local. Oleh itu, Fst = (Ht - Hs) / Ht, di mana nilai Fst < 0.1 menunjukkan nilai divergen yang besar di dalam populasi (iaitu populasi yang berbeza dari segi genetik antara satu sama lain). Nilai antaranya menunjukkan beberapa divergen genetik.

RUMUSAN 

Pterostylis isozymus Fst = (Ht - Hs) / Ht = 0.49 – 0.35 / 0.49 = 0.29 Fst > 0.1 , menunjukkan divergen yang besar di antara populasi Pterostylis isozymus.

Pterostylis polyzymus Fst = (Ht - Hs) / Ht = 0.47 - 0.46 / 0.47 = 0.02 Fst <0.1 , menunjukkan tiada divergen di antara populasi Pterostylis polyzymus.

Populasi Pterostylis isozymous

adalah lebih divergen daripada populasi

Pterostylis polyzymous. Oleh itu, populasi Pterostylis polyzymous, adalah sama secara genetik antara satu sama lain. 10

SCE 3107- PRAKTIKAL 6

SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J)

PERBINCANGAN

1. Adakah populasi bagi setiap spesies adalah berbeza antara satu sama lain? Adakah sesuatu spesies mempunyai lebih diversiti antara populasi daripada yang lain? Yang mana satu?

Populasi bagi setiap spesies adalah berbeza antara satu sama lain. Berdasarkan data yang telah dikumpul, terdapat spesies yang mempunyai diversiti antara populasi yang lebih daripada yang lain. Untuk memiliki diversiti genetik yang tinggi di dalam sesebuah variasi populasi, Fst yang dikumpul mestilah melebihi 0.1 di mana ia menunjukkan divergen yang besar antara populasi.

2. Bagaimanakah anda peruntukkan dana yang terhad bagi pemerolehan tanah lembap? Jelaskan dengan wajar keputusan anda di dalam konteks memelihara jumlah genetik diversiti yang maksimum yang menggambarkan kedua-dua spesies.

11

SCE 3107- PRAKTIKAL 6

SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J)

Saya akan memilih genetik yang menunjukkan diversiti genetik yang tinggi antara populasi. Dana tersebut akan digunakan untuk memulihara tanah lembap yang mempunyai diversiti genetik yang tinggi untuk medapatkan populasi yang lebih baik.

3. Apakah pertimbangan selain genetik yang akan mempengaruhi pilihan anda?

Selain daripada faktor genetik, saya akan melihat kepada spesies yang terancam dan yang terdedah kepada masalah sukar untuk hidup di dalam habitat sedia ada. Apabila spesies tersebut makin kurang di dalam persekitaran, ia perlu dipelihara bagi mengelak berlakunya kepupusan terhadap spesis tersebut daripada ekosistem yang akan memberi impak besar jika kehilangannya. Selain itu, saya juga akan mengambil kira kualiti persekitaran pembiakan, saiz populasi dan sumbangannya terhadap ekosistem.

4. Diberi bahawa kedua-dua allele pada lokus yang dikaji ditemui bagi setiap spesies. Mengapakah lebih daripada satu populasi akan wujud bagi setiap spesis yang dilindungi?

Biasanya, bagi setiap satu populasi spesis, mereka akan dilindungi apabila diversiti genetik di dalam populasi itu berbeza antara satu sama lain, dan mungkin terdapat variasi antaranya. Populasi dengan variasi genetik yang tinggi menunjukkan bahawa semakin tinggi peluang populasi tersebut untuk hidup. 5. Melalui pembacaan oleh Eldridge (1998) yang bertajuk ‘Trouble in Paradise’, bagaimanakah saintis memaksimakan diversiti genetik bagi pengenalan semula populasi? Mengapakah mereka tidak memilih hanya sejenis haiwan dari pulau tersebut? 12

SCE 3107- PRAKTIKAL 6

SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J)

Berdasarkan pembacaan yang telah dibuat, saintis memaksimakan diversity genetik bagi re-introduce population, dengan memilih haiwan daripada pulau yang berbeza. Ini adalah kerana haiwan daripada spesis yang sama tetapi berbeza persekitaran (pulau) mempunyai peluang terbentuknya populasi yang pelbagai. Haiwan daripada satu pulau sahaja akan mempunyai profil identiti yang sama dan kajian menunjukkan populasi di pulau itu akan mengalami kekurangan variasi genetik. Apabila hanya satu haiwan sahaja dipilih, ia berkemungkinan akan terkena penyakit dan seterusnya akan mati.

13

You're Reading a Free Preview

Download
scribd
/*********** DO NOT ALTER ANYTHING BELOW THIS LINE ! ************/ var s_code=s.t();if(s_code)document.write(s_code)//-->