DNA molekul dalam eukariota berbeda dari molekul melingkar prokariota dalam bahwa mereka lebih besar dan

biasanya memiliki asal-usul beberapa replikasi. Ini berarti bahwa setiap kromosom eukariotik terdiri dari unit replikasi banyak DNA dengan asal-usul beberapa replikasi. Sebagai perbandingan, kromosom E. coli prokariotik hanya memiliki asal tunggal dari replikasi. Pada eukariota, ini garpu replikasi, yang sangat banyak di sepanjang DNA, membentuk "gelembung" dalam DNA selama replikasi. Bentuk garpu replikasi pada titik khusus yang disebut urutan replikasi mandiri (ARS). Eukariota memiliki kompleks klem penjepit loader dan enam unit yang disebut antigen sel berkembang biak nuklir . Gerakan efisien garpu replikasi juga bergantung secara kritis pada penempatan cepat klem geser di lokasi prima yang baru pada untai DNA tertinggal oleh ATP tergantung kompleks klem loader. Ini berarti bahwa generasi sesepenggal fragmen Okazaki dapat bersaing dengan sintesis berkelanjutan DNA pada untai terkemuka. Kompleks penjepit loader ini merupakan ciri khas dari semua eukariota dan memisahkan beberapa perbedaan kecil dalam sintesis fragmen Okazaki di prokariota dan eukariota. Panjang fragmen Okazaki di prokariota dan eukariota berbeda juga. Prokariota memiliki fragmen Okazaki yang cukup lama dibandingkan dengan eukariota. Eukariota biasanya memiliki fragmen Okazaki yang 100 sampai 200 nukleotida panjang, sedangkan prokariotik E. Coli dapat 2.000 nukleotida panjang. Fragmen Okazaki juga diproduksi lebih cepat di prokariota karena sel-sel prokariotik mengandung bahan kurang genetik. Kompleksitas DNA dalam eukariota panggilan untuk waktu produksi lagi fragmen Okazaki. http://en.wikipedia.org/wiki/Okazaki_fragments

Medical konsep yang terkait dengan fragmen Okazaki

Sebuah mutasi kecil dalam nukleotida cocok dapat menyebabkan penyimpangan kromosom dan penataan ulang genetik tidak disengaja. Meskipun sel mengalami beberapa langkah untuk memastikan tidak ada mutasi pada urutan genetik, penghapusan terkadang spesifik dan perubahan genetik lain selama pematangan fragmen Okazaki tidak diketahui. Karena fragmen Okazaki adalah set nukleotida untuk untai tertinggal, setiap perubahan termasuk penghapusan, sisipan, atau duplikasi dari untai asli dapat menyebabkan mutasi jika tidak terdeteksi dan diperbaiki. Penyebab lain dari mutasi termasuk masalah dengan protein yang membantu dalam replikasi DNA. Sebagai contoh, sebuah mutasi yang berkaitan dengan primase mempengaruhi penghapusan primer RNA dan dapat membuat untai DNA lebih rapuh dan rentan terhadap istirahat. Lain mutasi kekhawatiran polimerase , yang merusak editing dari urutan fragmen Okazaki dan penggabungan dari protein ke dalam bahan genetik. Kedua perubahan dapat mengakibatkan penyimpangan kromosom, penataan ulang genetik tidak disengaja, dan berbagai kanker di kemudian hari. Untuk menguji efek dari mutasi protein pada organisme hidup, peneliti diubah secara genetik tikus laboratorium menjadi homozigot untuk mutasi pada protein lain yang berhubungan dengan

replikasi DNA, endonuklease flap 1, atau FEN1. Hasil bervariasi berdasarkan perubahan gen tertentu. Tikus KO homozigot mutan mengalami "kegagalan proliferasi sel" dan "mematikan embrio awal" (27). Tikus dengan mutasi F343A dan F344A (juga dikenal sebagai FFAA) meninggal langsung setelah lahir karena komplikasi termasuk pansitopenia dan paru hipoplasia . Hal ini karena mutasi FFAA terus FEN1 dari berinteraksi dengan PCNA ( berkembang biak antigen sel nuklir ), karenanya tidak memungkinkan untuk menyelesaikan tujuannya selama pematangan fragmen Okazaki. Berdasarkan observasi yang cermat, sel homozigot untuk mutasi FFAA FEN1 tampaknya hanya menampilkan cacat parsial dalam pematangan, yang berarti tikus heterozigot untuk mutasi akan mampu bertahan hidup sampai dewasa, meskipun mempertahankan torehan kecil di beberapa genom mereka. Tak pelak walaupun demikian, torehan mencegah masa depan replikasi DNA karena istirahat menyebabkan garpu replikasi untuk runtuh dan menyebabkan istirahat untai ganda dalam urutan DNA yang sebenarnya. Dalam waktu, torehan juga menyebabkan kromosom istirahat penuh, yang dapat menyebabkan mutasi parah dan kanker. Mutasi lainnya telah dilaksanakan dengan versi yang berubah Polymerase, yang mengarah ke hasil yang sama. Teknik konsep yang terkait dengan fragmen Okazaki Karena pentingnya dan tujuan dari fragmen Okazaki dalam DNA replicaiton, bioengineers menggunakan potongan-potongan DNA dalam penelitian mereka. Satu studi yang dipublikasikan di Science pada tanggal 17 Maret 2000, menyatakan bahwa mulai spesifik lokasi dan menghentikan sintesis DNA dua arah pada gen manusia yang disebut Lamin B2 ditemukan menggunakan DNA eksplorasi dasar dan informasi tentang sintesis fragmen Okazaki. Berdasarkan posisi relatif dari fragmen Okazaki ke garpu replikasi selama sintesis berdiri tertinggal serta panjang rata-rata fragmen Okazaki selama replikasi, para ilmuwan mampu menentukan nukleotida 3933 sebagai awal dari sintesis dua arah. Informasi itu, "berasal dari menghubungkan ke ori dimulai dari empat fragmen Okazaki berikutnya memiliki panjang 143, 144, 65, dan 80 nukleotida dari pertama sampai keempat, masing-masing". Studi lain meneliti pembentukan fragmen Okazaki di wild type sel bakteri. Dalam strain Escherichia coli, mutasi pada lokus Sof, lokasi tertentu dari gen pada kromosom, menghasilkan rekombinasi hiper dan untai DNA pendek. Para ilmuwan mengatakan bahwa gen bermutasi rusak, mempengaruhi enzim yang disebut diphosphohydrolase deoxyuridinetriphosphate (atau dUTPase), yang tidak bisa lagi mengkatalisis hidrolisis dUTP. Mutasi ini juga menurunkan jumlah dUTPase dalam organisme, entah bagaimana meningkatkan jumlah urasil yang sedang dimasukkan ke dalam DNA. Karena urasil bukan salah satu dari empat nukleotida terkait dengan DNA (diganti dengan Timin), itu harus dibuang sebagai kesalahan oleh proses eksisi-perbaikan dan diganti. Penghapusan Cepat urasil karena penggabungan meningkat menjadi DNA dapat menyebabkan akumulasi fragmen DNA pendek, yang juga dapat menyebabkan pembentukan fragmen Okazaki. Belajar bagaimana fragmen Okazaki berasal dari bakteri seperti E. coli memungkinkan ilmuwan dan insinyur untuk lebih memahami proses replikasi DNA dan efek mutasi pinpoint. Meskipun mutasi yang terkait dengan fragmen Okazaki dapat mengakibatkan kanker, penelitian telah menunjukkan bahwa perubahan fragmen Okazaki di analog nukleosida seperti sitarabin dapat menyebabkan anti kanker kegiatan. Misalnya, sitarabin adalah agen anti-leukemia yang

menghambat replikasi DNA tertinggal berdiri. Ketika agen ini menggantikan deoxycytidine selama replikasi genom SV-40 virus, pembengkokan wilayah dupleks DNA (DDR), dan RNADNA hibrida wilayah duplex (HDR) meningkat dari 22 derajat menjadi 41 derajat. Ini heliks meningkat lentur fragmen Okazaki dapat menyebabkan kemampuan sitarabin untuk menghambat replikasi dari DNA untai tertinggal dan memiliki sifat anti-kanker. http://en.wikipedia.org/wiki/Okazaki_fragments Reiji Okazaki ( Okazaki Reiji ? , 8 Oktober 1930 - 1 Agustus 1975) adalah seorang Jepang ahli biologi molekuler terkenal karena penelitiannya dalam replikasi DNA dan khususnya untuk menggambarkan peran yang disebut fragmen Okazaki yang ia temukan bekerja dengan istrinya Tsuneko Okazaki pada tahun 1966. Okazaki menemukan cara di mana untai tertinggal DNA direplikasi melalui fragmen dengan melakukan percobaan menggunakan E. coli. Setelah bereaksi E. coli dengan 3 [H] timidin untuk mensintesis DNA untuk hanya sepuluh detik, dia menempatkan sampel dalam tabung reaksi sukrosa basa. DNA, lebih besar lebih berat dialirkan ke bagian bawah tabung reaksi, sedangkan DNA ringan yang lebih kecil tidak. Ketika sampel diambil dari dasar tabung tes, ditemukan bahwa setengah berat dan setengah adalah cahaya, membuktikan bahwa setengah dari DNA itu selesai dan setengah berada di fragmen. Kemudian ia mengambil sampel DNA E.coli yang telah disintesis untuk lima detik tambahan, dan menemukan semua aktivitas sekarang menghasilkan berat molekul yang lebih besar. Oleh karena itu, tidak ada lagi fragmen. Hal ini membuktikan bahwa selama lima mengejar kedua, primer RNA telah dihapus-menggunakan DNA polimerase I-dan basis disatukan oleh DNA ligase, meninggalkan DNA baru sepenuhnya matang dan diperbaiki. http://en.wikipedia.org/wiki/Reiji_Okazaki

Okazaki fragment merupakan segment DNA yang terbentuk secara baru, berdasarkan lagging strand pada replikasi DNA. Untuk menyempurnakan lagging strand, ligase DNA menghubungkan okazaki fragment sehingga menjadi untaian yang bersambung. http://neurologistcyber.wordpress.com/2007/12/05/bisikan-singkat-replikasi-dna/

Pada untaian DNA awal, polimerisasi DNA berlangsung secara kontinu sehingga molekul DNA baru yang disintesis merupakan satu unit. Sebaliknya pada untaian DNA lambat polimerisasi dilakukan fragmen demi fragmen . fragmen fragmen DNA pendek tersebut pada akhirnya disambung ( ligasi ) dengan enzim DNA ligase sehingga menjadi unit yang utuh. Fragmenfragmen DNA pendek yang disintesis disebut Fragmen Okazaki, oleh karena fenomena sintesis

DNA secara kontinu tersebut pertama kali diungkapkan oleh Reiji Okazaki pada tahun 1968 ( Yuwono, 2008 ). Pembentukan fragmen fragmen okazaki tersebut dibuktikan dengan menggunakan ,odel replikasi DNA bakteriofag T4. Dalam hal ini okazaki menggunakan bakteriofag T4 tipe alami maupun mutan yang tidak mengkode enzim ligase. Sel E.coli yang diinfeksi dengan T4 diperlakukan dengan pulsa-pulsa pendek ( dalam skala detik ) senyawa berlabel yaitu HTimidin. DNA bakteriofag T4 yang disintesis kemudian diultrasentrifugasi pada gradien untuk mengetahui ukuran fragmen DNA yang terbentuk pada tiap tiap perlakuan pulsa senyawa berlabel tersebut . Hasil pada gradient menunjukkan bahwa dua detik setelah perlakuan telah diperoleh suatu fragmen DNA pendek berukuran sekitar 1.000 2.000 nukleotida. Fragmenfragmen DNA yang pendek semacam ini terakumulasi dalam jumlah sangat besar jika digunakan bakteriofag T4 yang mengalami mutasi pada gen DNA ligase ( Yuwono, 2008 ). Yuwono,T. 2008. Biologi Molekular. Penerbit Erlangga. Jakarta